Keselamatan, kenyamanan serta keamanan penumpang dan kru pesawat merupakan prioritas utama bagi Lion Air Group. Lion Air telah mengantongi sertifikat IATA Operational Safety Audit (IOSA). Lion Air Group berhasil menyelesaikan audit internasional mengenai keselamatan penerbangan, sehingga layak disejajarkan dengan airlines kelas dunia. Audit IOSA dirancang untuk menilai manajemen operasional serta sistem kontrol maskapai.
Lion Air menyatakan, patuh dan menjalankan kebijakan bandar udara, pemerintah selaku regulator dan standar prosedur operasi (SOP) Grup Lion Air serta ketentuan internasional dalam menjalankan seluruh jaringan operasional.