Salah satu keistimewaan dari gereja ini adalah adanya inskripsi dalam bentuk aksara Tionghoa. Di bagian bubungan atap tertera daerah asal pemiliknya yang terdahulu, yaitu kabupaten Nan An, keresidenan Quanzhou, provinsi Fujian. Inskripsi lain juga di bagian bubungan atap yaitu "fu shou, kang, ning" yang artinya rezeki, umur panjang, kesehatan, dan ketentraman.
Saat memasuki gereja, kita juga akan merasakan atmosfer khas Tionghoa, di mana konstruksi kayu, ukiran, juga warna merah dan emas, yang merupakan simbol warna khas Tionghoa, mendominasi setiap arsitekturnya, termasuk pada altar gereja.
Gereja Santa Maria de Fatima awalnya dibuat sebagai salah satu syiar agama Katolik pada orang-orang Hoakiau(Cina Perantauan). Namanya sendiri diambil dari sebuah cerita tentang penampakan Bunda Maria kepada tiga anak gembala, yang tergambar dalam relief Gua Maria di sisi kanan gereja.
Hingga saat ini, gereja masih selalu ramai dikunjungi jemaat. Bahkan, Gereja Santa Maria de Fatima, kata Ira, merupakan satu-satunya gereja di Jakarta yang memberikan misa dengan dua bahasa, yaitu bahasa Indonesia dan Mandarin, pada waktu yang berbeda.