Setelah pemilihan ditutup, API mengakhirinya dengan malam penghargaan, yang dikemas dalam bentuk gala dinner. Saat itu akan dilakukan penyerahan penghargaan bagi destinasi atau objek wisata yang paling banyak terpilih.
Penghargaan itu sendiri rencananya akan diberikan oleh menpar kepada gubernur, bupati, atau wali kota, dimana destinasi tersebut berada.
Berikut kategori nominasi Anugerah Pesona Indonesia 2016 (API 2016):
Kategori I Surga Tersembunyi Terpopuler (Most Popular Hidden Paradise):
1. Pulau Anambas-Anambas, Kep Riau
2. Pulau Berhala-Serdang Badagai, Sumut
3. Pulau Karampuang-Mamuju, Sulbar
4. Pulau Maratua-Berau, Kaltim
5. Pulau Pahawang-Pasawaran, Lampung
6. Pulau Sangiang-Serang, Banten
7. Pulau Sebuku-Kotabaru, Kalbar
8. Kepulauan Kei-Maluku Tenggara, Maluku
9. Kepulauan Mandeh-Pesisir Selatan, Sumbar
10. Kepulauan Togean-Tojo Unauna, Sultengah.
Kategori II Tujuan Wisata Terpopuler Kebersihannya (Most Popular Cleanliness):
1. Pantai Harlem-Jayapura, Papua
2. Pantai Iboih-Sabang, Nanggroe Aceh Darussalam
3. Pantai Nihi Watu-Sumba Barat, Nusa Tenggara Timur
4. Pantai Nirwana-Bau bau, Sulawesi Tenggara
5. Pantai Ora-Maluku Tengah, Maluku
6. Pantai Papuma-Jember, Jawa Timur
7. Pantai Sawarna-Lebak, Banten
8. Pantai Tanjung Tinggi-Belitung, Bangka Belitung
9. Pantai Tanjung Bira-Bulukumba, Sulawesi Selatan
10. Pulau Saronde-Gorontalo Utara, Gorontalo
11. Teluk Triton-Kaimana, Papua Barat
Kategori III Situs Sejarah Terpopuler (Most Popular Historical Site):
1. Benteng Keraton Buton-Bau Bau, Sulawesi Tenggara
2. Benteng Kuto Besak-Palembang, Sumatera Selatan
3. Benteng Marlborough-Bengkulu
4. Benteng Tolukko-Ternate, Maluku Utara
5. Gedung Linggarjati-Kuningan, Jawa Barat
6. Goa Jepang-Biak, Papua
7. Kawasan Kota Tua-DKI Jakarta
8. Lawang Sewu-Semarang, Jawa Tengah
9. Museum KA-Sawahlunto, Sumatera Barat
10. Rumah Pembuangan Soekarno-Ende, Nusa Tenggara Timur
Kategori IV Hidangan Tradisional Terpopuler (Most Popular Traditional Dishes):
1. Ayam Betutu Bali-Bali
2. Ayam Taliwang Lombok-Nusa Tenggara Barat
3. Batagor Bandung-Jawa Barat
4. Bubur Tinutuan Menado-Sulawesi Utara
5. Gudeg Yogya-DI Yogyakarta
6. Kerak Telor Betawi-DKI Jakarta
7. Mi Titi Makasar-Sulawesi Selatan
8. Pempek Palembang-Sumatera Selatan
9. Rujak Cingur-Jawa Timur
10. Soto Banjar-Kalimantan Selatan
11. Tengkleng Solo-Jawa Tengah
Kategori V Tempat Menyelam Terpopuler (Most Popular Diving Spot):
1. Halmahera Utara-Maluku Utara
2. Kepulauan Raja Ampat-Raja Ampat, Papua Barat
3. Kepulauan Wakatobi-Wakatobi, Sulawesi Tenggara
4. Nusa Penida-Klungkung, Bali
5. Pulau Alor-Alor, Nusa Tenggara Timur
6. Pulau Bintan-Kepulauan Riau
7. Pulau Karimun Jawa-Jepara, Jawa Tengah
8. Pulau Weh-Sabang, Aceh
9. Taman Laut Bunaken-Manado, Sulawesi Utara
10. Taman Laut Derawan-Berau, Kalimantan Timur
Kategori VI Tempat Berselancar Terpopuler (Most Popular Surfing Spot):
1. Nusa Lembongan-Klungkung, Bali
2. Ombak Bono Sungai Kampar-Pelalawan, Riau
3. Pulau Nias-Nias, Sumatera Utara
4. Pulau Panaitan-Pandeglang, Banten
5. Pulau Sipora-Mentawai, Sumatera Barat
6. Pantai Lakey-Dompu, Nusa Tenggara Barat
7. Pantai Nemberala-Rote Ndao, Nusa Tenggara Timur
8. Pantai Ombak Tujuh-Sukabumi, Jawa Barat
9. Pantai Plengkung-Banyuwangi, Jawa Timur
10. Pantai Tanjung Setia-Lampung Barat, Lampung
Kategori VII Atraksi Budaya terpopuler (Most Popular Cultural Attraction):
1. Bambu Gila-Ambon, Maluku
2. Debus-Banten
3. Hombo Batu-Nias, Sumatera Utara
4. Iraw Tengkayu-Tarakan, Kalimantan Utara
5. Karapan Sapi-Madura, Jawa Timur
6. Mapasilaga Tedong-Toraja, Sulawesi Selatan
7. Pasola-Sumba, Nusa Tenggara Timur
8. Perahu Naga-Tanjung Pinang, Kepulauan Riau
9. Saptonan-Jawa Barat
10. Tabuik-Padang Pariaman, Sumatera Barat
Kategori VIII Festival Budaya Terpopuler (Most Popular Cultural Festival):
1. Festival Bahari Raja Ampat-Papua Barat
2. Festival Bakar Tongkang-Riau
3. Festival Bunga Tomohon-Sulawesi Utara
4. Festival Danau Sentani-Papua
5. Festival Danau Toba-Sumatera Utara
6. Festival Erau Kertanegara-Kalimantan Timur
7. Festival Palang Pintu Kemang-DKI Jakarta
8. Festival Sekaten-DI Yogyakarta
9. Festival Teluk Jailolo-Maluku Utara
10. Jember Fashion Carnival-Jawa Timur