NIPT dianggap non-invasif karena hanya membutuhkan pengambilan darah dari wanita hamil dan tidak menimbulkan risiko bagi janin. NIPT adalah tes skrining , yang berarti tidak akan memberikan jawaban pasti tentang apakah janin memiliki kondisi genetik atau tidak. Tes hanya dapat memperkirakan apakah risiko memiliki kondisi tertentu meningkat atau menurun.
Dalam beberapa kasus, hasil NIPT menunjukkan peningkatan risiko kelainan genetik ketika janin sebenarnya tidak terpengaruh (positif palsu), atau hasilnya menunjukkan penurunan risiko kelainan genetik saat janin benar-benar terpengaruh (negatif palsu). Karena NIPT menganalisis cfDNA janin dan ibu, tes tersebut dapat mendeteksi kondisi genetik pada ibu.