Kondisi disbiosis atau ketidakseimbangan komposisi dan fungsi mikrobiota saluran cerna dapat berhubungan dengan kejadian alergi pada anak. Bagi anak yang menderita alergi, memiliki jumlah dan keberagaman mikrobiota saluran cerna yang lebih sedikit dibandingkan anak yang tidak mengalami alergi.
Untuk itu, pada anak yang memiliki alergi, orangtua harus dapat memilih jenis makanan yang tepat dan tidak mengandung zat-zat yang menyebabkan alergi, menjaga asupan gizinya tetap seimbang dan juga bisa diberikan makanan atau minuman yang difortifikasi serat.