Infeksi virus Hendra dapat dicegah dengan menghindari kuda yang sakit atau mungkin terinfeksi HeV. Selain itu, Anda juga bisa menggunakan alat pelindung diri yang sesuai saat kontak dengan kuda.
Tetapi, vaksin untuk virus Hendra komersial baru-baru ini dilisensikan di Australia untuk kuda dan bisa digunakan pada spesies hewan lain serta manusia.