Ada berbagai penyebab yang menyebabkan refleks gastrokolik pada seseorang. Menurut para ahli, penyebab umumnya adalah alergi makanan, intoleransi makanan, kecemasan, gastritis, penyakit radang usus kronis dan kondisi medis lain yang mendasarinya.
Selain itu dilansir dari laman Times of India, perubahan mikrobioma usus juga dapat menyebabkan refleks tersebut. Hal ini dapat terjadi karena adanya infeksi.
Banyak penelitian juga mengaitkan diabetes dengan refleks ini. Para ahli juga mengaitkan konsumsi makanan pedas, mengonsumsi minuman berkarbonasi, merokok, minum alkohol, kebiasaan diet yang buruk, aktivitas fisik yang kurang, obat-obatan tertentu, produk susu pemicu BAB setelah makan.