Menelan air yang terkontaminasi naegleria fowleri tidak akan menyebabkan infeksi, tetapi jika air yang tercemar masuk ke hidung, organisme ini dapat masuk otak dan merusak jaringannya.
Hampir seluruh laporan infeksi berakibat fatal, dengan tingkat kelangsungan hidup kurang dari tiga persen, menurut CDC.
Tidak jelas persis mengapa beberapa orang dapat bertahan dari kondisi tersebut, tetapi faktornya bisa karena deteksi dini dan pengobatan dengan obat eksperimental yang disebut miltefosine.