Meskipun gejala penyakit Lyme dan virus corona Covid-19 sama, tapi ada beberapa hal yang bisa membedakannya. Kesulitan bernapas dan sakit tenggorokan telah dikaitkan dengan Covid-19, tapi kondisi ini jarang terjadi pada penyakit Lyme.
Selain itu, sakit kepala pada pasien virus corona Covid-19 jauh lebih ringan daripada penyakit Lyme. Orang dengan penyakit Lyme juga bisa mengalami leher kaku, nyeri tajam, sensitif terhadap cahaya, sensitif terhadap suara dan mual.