Tetapi estrogen terkadang menyebabkan kerusakan pada kelenjar pituitari yang mengendalikan banyak sistem hormon dalam tubuh.
Ukuran dan bentuk payudara akan berubah secara perlahan seiring berjalannya waktu. Begitu pula dengan alat kelamin yang ikut terpengaruh secara perlahan.

Terutama pada pria yang melakukan terapi hormon estrogen, cairan testis yang mengandung sperma tidak akan lagi mengalir.
Cairan yang muncul selama ejakulasi mungkin tampak bersih dan dalam beberapa kasus ejakulasi bisa berhenti.
Selain itu, dorongan seks juga akan menurun dan bisa hilang. Apalagi pengerahan penis mungkin menjadi semakin sulit untuk dicapai dan dipertahankan.
Selanjutnya, akan terjadi pelunakan pada penis dan jaringan skrotum. Testis menjadi rusak setelah periode 2-5 tahun dan kemandulan permanen terjadi.
Sehingga, terapi estrogen pada pria tidak hanya akan memengaruhi organ intimnya. Tetapi, juga organ tubuh lain hingga emosionalnya.