Ia merupakan suami dari Kartika Putri, sebelumnya sudah menikah dua kali.
Istri pertamanya, Ria Tatu, dinikahinya pada tahun 2004, namun mereka bercerai pada tahun 2016.
Dari pernikahan keduanya, mereka dikaruniai tiga orang anak, dan mereka bercerai secara baik-baik.
Pertemuan antara Habib Usman dan Kartika Putri terjadi melalui perkenalan yang difasilitasi oleh Manajer Raffi Ahmad, Mira Syamsiah Ahmad.
Kartika Putri sendiri menganggap Habib Usman sebagai pria idaman yang baik, tahu agama, dan seorang yang menghargai perempuan.
Kartika Putri juga mengungkapkan bahwa dia telah mengenal Habib Usman sejak 2012 dan menyebutkan bahwa Habib Usman adalah orang yang mengajaknya untuk berubah menjadi lebih baik.
Saat ini Habib Usman dan Kartika Putri telah dikaruniai satu anak perempuan, yaitu Khalisa.