Di dunia pendidikan, Qomar sempat menjabat sebagai Rektor Universitas Muhadi Setiabudi di Brebes. Namun, kontroversi mencuat saat ia mengundurkan diri sebelum menyelesaikan masa jabatannya. Kontroversi ini semakin memanas ketika ia dituduh memalsukan ijazah S2 dan S3 sebagai syarat pencalonan rektor.
Masa kelam dalam hidup Abah Qomar terjadi pada 19 Agustus 2020, saat ia harus mendekam di Lapas Brebes. Ia dinyatakan bersalah karena pemalsuan ijazah yang digunakan untuk memenuhi syarat pencalonan sebagai rektor di Universitas Muhadi Setiabudi. Kasus ini menjadi sorotan publik, mengingat sosoknya yang sebelumnya dihormati di berbagai bidang.