Film ? (dibaca Tanda Tanya) mengangkat tema toleransi antaragama. Namun film ini langsung mendapat penolakan keras dari Front Pembela Islam (FPI). Karakter Menuk (diperankan oleh Revalina S. Temat), seorang perempuan Muslim yang bekerja di restoran yang menyajikan babi, dianggap menyesatkan oleh FPI dan umat Islam, yang kemudian mengharamkan film ini untuk ditonton.

Meski begitu, film ini mendapat dukungan dari Yenny Wahid, putri Gus Dur, dan setelah Hanung Bramantyo memotong beberapa adegan, film ini akhirnya bisa tayang di bioskop.
3. Cinta Tapi Beda (2012)
Berbeda keyakinan dalam hubungan cinta menjadi tema utama dalam Cinta Tapi Beda. Film ini mengisahkan pasangan yang berasal dari latar belakang agama yang berbeda, dengan salah satu karakter, Diana, seorang Katolik yang berasal dari keluarga Minangkabau.

Masyarakat Minangkabau merasa tersinggung karena mereka merasa identik dengan Islam, dan Hanung dianggap menciptakan citra yang salah tentang suku mereka. Akibat kontroversi ini, Hanung dilaporkan atas tuduhan menanamkan kebencian terhadap suku tertentu dan film ini pun ditarik dari peredaran bioskop.
4. Hijab (2015)
Film Hijab menghadirkan Zaskia Adya Mecca, istri Hanung Bramantyo, sebagai pemain sekaligus produser, namun film ini mendapat kritik keras dari berbagai pihak. Banyak yang menilai bahwa film ini tidak merepresentasikan perempuan secara benar, terutama dalam konteks hijab yang dikenakan oleh karakter-karakter dalam cerita.

Hanum Salsabiela Rais, putri Amien Rais, menuding Hanung sebagai anggota Jaringan Islam Liberal (JIL) dan mengkritik film ini karena dianggap tidak sesuai dengan nilai-nilai Islam yang sebenar-benarnya. Kontroversi ini semakin memanas di kalangan publik.
5. Tuhan, Izinkan Aku Berdosa (2024)
Baca Juga: Hanung Bramantyo Dalami Islam Demi Zaskia Mecca, Kini Viral Ada di Vatikan Saat Malam Misa Natal
Film terbaru Hanung Bramantyo, Tuhan, Izinkan Aku Berdosa, melanjutkan tradisi kontroversialnya. Meskipun judul film sempat diganti dari Tuhan, Izinkan Aku Menjadi Pelacur, namun kontroversi tetap muncul.