Tak sampai di situ, Siti Atikoh juga pernah mengambil studi master kembali di Universitas Tokyo dengan program studi Magister Kebijakan Publik.
Siti Atikoh mengenyam pendidikan S2 dan mengambil studi di Universitas Tokyo itu setelah menikah dengan Ganjar Pranowo.
Karena, Siti Atikoh dan Ganjar Pranowo diketahui lebih dulu menikah pada 1999. Keduanya juga bertemu ketika KKN bersama di tahun 1994.
Sementara, Siti Atikoh baru meraih gelar Magister Teknik dari SAPPK Institut Teknologi Bandung pada 2008, setelah menikah dan melahirkan Alam Ganjar pada 2001.