Tetapi pada 2020 LaBeouf dituding melakukan kekerasan secara fisik, mental dan emosional oleh mantan kekasihnya, twigs. Selain itu, sang kekasih juga menyebut LaBeouf menyebabkan ia menderita penyakit menular seksual.
LaBeouf dan pengacaranya membantah tudingan tersebut. Tetapi pada 2021, saat jadi tamu dalam podcast aktor Jon Bernthal, mengatakan, "Saya sudah melukai perempuan itu."
Ia tak menyebut nama mantan kekasihnya, twigs.
"Dalam prosesnya, saya melukai banyak orang dan banyak orang sebelum perempuan itu. Saya adalah manusia egois yang hanya mencari kesenangan, yang mementingkan diri sendiri, tidak jujur dan penakut. Saya sangat buruk," aku LaBeouf.