Selanjutnya, bom juga meledak di Gereja Kristen Indonesia, Jalan Diponegoro 146. Tak beberapa lama, bom juga meledak di Gereja Pantekosta Pusat Surabaya (GPPS), Jalan Arjuna.
Sampai saat ini, 13 orang dilaporkan meninggal dunia akibat bom tersebut. Sementara puluhan lainnya mengalami luka-luka.