Lulus dari kampus tersebut, Shin Jae-won melanjutkan karier sepak bolanya di Seoul FC. Berbeda dengan Shin Tae-yong yang berposisi sebagai gelandang, pemain 26 tahun itu lebih suka ditempatkan sebagai penyerang sayap.
Sayang karier awalnya di Seoul FC tidak berjalan mulus, sehingga dipinjamkan ke Ansan Greeners yang bermain di K League 2 pada musim 2020. Di klub tersebut ia bermain 15 kali dengan mengemas satu asist.
Musim berikutnya, Shin Jae-won kembali ke klubnya Seoul FC. Berlaga di K League 1 musim 2021, ia mencetak satu gol dari 10 laga.
Pada musim 2022, Shin Jae-won pindah ke Suwon FC dengan status bebas transfer. Ia mencatatkan delapan kali dimainkan di klub tersebut. Hingga akhirnya pada musim 2023 dia pindah ke klub K League 2, Seongnam FC.
Dua musim di sana, ia berhasil mencatatkan 44 pertandingan dengan mencetak 4 gol dan 5 asist.