Di level timnas, John Goossens tercatat pernah membela tim U-19 hingga tim U-21 Belanda. Total ia mengoleksi 21 caps bersama tim kelompok umur Belanda dan mencetak 8 gol.
Di tim U-21 Belanda, John beberapa kali dipasang sebagai winger. Ia bahkan mencetak gol saat bermain di posisi itu.
Gol itu dicetaknya saat melawan Ukraina U-21 pada 10 Desember 2010. Saat itu tim U-21 Belanda juga diperkuat oleh Tim Krul, Leroy Fer hingga striker Bas Dost.