Namun, setelah sukses di awal, Ishii menghadapi masa sulit pada musim 2017, dipecat dari Kashima Antlers dan kemudian bergabung dengan Omiya Ardija.
Namun, nasib buruk kembali menghampirinya karena klub yang dilatihnya terdegradasi ke J2 League, membuat Ishii memutuskan untuk mundur pada akhir musim 2018.
Perjalanan Ishii di sepak bola Thailand dimulai dengan menangani klub Samut Prakan City hingga akhir 2021 sebelum pindah ke Buriram United.
Di sana, Ishii berhasil meraih kesuksesan dengan memenangkan treble domestik, termasuk Thai League 1, Thai FA Cup, dan Thai League Cup, pada musim 2021/2022.
Ketangguhan Ishii berlanjut di musim 2022/2023, di mana Buriram United kembali meraih treble domestik.
Jejak prestasinya yang gemilang membuat FAT memutuskan merekrut Ishii untuk turut membangun timnas Thailand, mengisi kekosongan yang ditinggalkan oleh Polking.