Ia juga turut membantu klub yang bermarkas di Signal Iduna Park itu memenangi dua kali DFB-Pokal (2016/2017, 2020/2021) dan satu kali DFL-Supercup (2019/2020).
Di tahun terakhirnya membela Dortmund, Guerreiro hampir mempersembahkan trofi Bundesliga 2022/2023. Kegagalan meraih kemenangan atas Mainz di pekan terakhir membuat Guerreiro gagal mengakhiri kariernya dengan manis selama tujuh musim membela tim yang identik dengan jersey hitam dan kuning tersebut.