Saat itu, sang legenda mengalami cedera jelang akhir musim, membuat Marinos kalah tiga kali dalam empat laga terakhir yang membuat mereka disalip Sanfrecce Hiroshima dalam perburuan gelar juara, hal yang dikatakan dia menjadi momen terburuk dalam kariernya.
Nakamura terpilih jadi MVP alias Pemain Terbaik, mengulangi prestasinya pada tahun 2000, dan kini jadi satu-satunya pemain yang pernah meraih gelar MVP J1 League dua kali sepanjang kariernya.
Saat itu, dia juga jadi pemain tertua yang menerima gelar MVP J1 League.
Nakamura bertahan di Yokohama F. Marinos hingga akhir musim 2016, total bermain 408 kali di semua ajang, mencetak 82 gol, dan 58 assist. Pada tahun 2017, Nakamura memutuskan hijrah ke klub J1 League lainnya, Jubilo Iwata.
Nakamura bermain dua setengah musim di Jubilo Iwata hingga musim panas 2019, dan total bermain 52 kali di semua ajang, mencetak 5 gol dan 12 assist. Pada pertengahan musim 2019, Nakamura bergabung dengan Yokohama FC di J2 League alias kasta kedua Liga Jepang.
Yokohama FC merupakan rival sekota klub masa kecilnya dan klub yang membesarkan namanya, Yokohama F. Marinos. Musim itu ia bermain enam kali dan mencetak satu gol, membantu Yokohama FC promosi ke kasta teratas sebagai runner-up J2 League.
Dia bertahan di Yokohama FC hingga pengujung kariernya sebelum memutuskan pensiun pada akhir 2022. Dalam musim terakhirnya, Nakamura bermain enam kali di J2 League dan membantu Yokohama FC jadi juara serta promosi ke kasta teratas Liga Jepang.
Total, Nakamura bermain 41 kali di semua ajang untuk Yokohama FC, mencetak satu gol dan dua assist. Musim 2022 menjadi musim terakhirnya sebagai pesepak bola profesional dan kini memutuskan untuk memulai karier kepelatihan sebagai staf pelatih di Yokohama FC.
Baca Juga: Skill Saja Tak Cukup, Jepang Bawa Semangat Samurai Demi Bungkam Kroasia di Piala Dunia 2022