Dari Agustus 2006 hingga Juli 2014, ia menjadi asisten pelatih Jerman di bawah manajer Joachim Löw.
Pada Agustus 2020, Flick memenangkan Liga Champions UEFA sebagai manajer Bayern Munich, menyelesaikan treble kontinental kedua klub. Pada tahun 2021, ia juga memimpin tim tersebut ke Piala Dunia Antarklub FIFA dan gelar Bundesliga lainnya.
Di samping Pep Guardiola, dia adalah satu dari dua manajer yang mencapai sextuple dengan tim mereka.
Demikian rekomendasi pelatih Chelsea.