Dari sana kesempatan untuk bermain di Indonesia akhirnya datang. Seorang agen yang merupakan teman dari mantan pemain Liga 1 asal Brasil, Jacksen F. Tiago, menawarkan Danilo untuk berkarier di Indonesia.
Akhirnya Danilo pergi ke Indonesia dan bergabung bersama Petrokimia Putra Gresik pada 2002. Kariernya langsung melejit karena mampu membawa Gresik jadi kampiun di musim perdananya berada di Liga Indonesia.
Setelah Gresik degradasi pada musim kedua Danilo di Indonesia, dia kemudian memutuskan pindah ke Persebaya.
Karier Danilo di Persebaya semakin melejit karena mampu membawa tim berjuluk 'Bajul Ijo' tersebut menjadi kampiun Liga Indonesia pada 2004.
Setelah dari Surabaya, Danilo kembali pindah tim. Masih di Jawa Timur, dia bergabung dengan Persik Kediri. Hasilnya kembali manis, dia membawa Persik jadi juara Liga Indonesia.
Usai sukses di Persik, Danilo kembali melanjutkan perjalanannya di sepak bola Indonesia. Dia beberapa kali pindah tim mulai dari Deltras Sidoarjo, Persisam Putra Samarinda, hingga akhirnya pensiun pada 2014 usai berkarier di Pusamania Borneo.
Alih-alih menjadi pelatih setelah pensiun, Danilo memilih mengecap manajemen tim saat masih berada di Borneo pada 2014 dengan menjabat Direktur Teknik.
Kemudian pada 2018, Danilo Fernando diperkenalkan sebagai manajer tim PSS Sleman yang saat itu berkompetisi di Liga 2 2018.
Kontributor: Aditia Rizki
Baca Juga: 5 Hits Bola: Coutinho Berharap Xavi Sukses dengan Pemain Barcelona yang Ada Saat Ini