Terlepas dari itu, Luis Milla pernah berkarier sebagai pelatih Timnas Indonesia pada 2017-2018. Sayang waktu Luis Milla bersama tim Garuda tidak berlangsung lama.
Pasalnya, pelatih asal Spanyol tersebut dipecat oleh PSSI usai Timnas Indonesia terhenti di babak 16 besar Asian Games 2018 silam.