Kiprahnya di dunia kepelatihan bermula saat menjadi asisten manajer dari Vaclav Kotal di tim Z brno U-19.
Sebelumnya, dia memutuskan gantung sepatu untuk mengakhiri kariernya sebagai pesepak bola pada 1 Juli 2014.
Klub terakhir yang diperkuat oleh Pavel Sustr ialah kesebelasan asal Ceko, Bohunice, pada musim 2013/2014.
Saat masih aktif bermain, juru taktik berpostur 180 cm ini biasa bertugas sebagai pemain bertahan.
Pada tahun 2017, Pavel Sustr kemudian diminta membantu Vaclav Cerny untuk melatih timnas Republik Ceko U-17. Saat itu, ia menjabat sebagai asisten pelatih.
Kiprah kepelatihannya sebagai pelatih kepala bermula pada 26 Agustus 2018 saat ditunjuk untuk menakhodai klub kasta kedua Liga Ceko, Zbrojovka Brno.
Sebagai informasi, Zbrojovka Brno merupakan klub sepak bola yang berbasis di kota kelahirannya, Brno.
Namun, dia hanya satu musim melatih di sana. Sebab, kontraknya berakhir pada 7 Oktober 2019.
Setelah angkat kaki dari Zbrojovka Brno, ia menjabat sebagai manajer klub SK Prostejov, sebuah kesebelasan yang berkompetisi di kasta kedua Liga Ceko.
Baca Juga: Nasib Witan Sulaeman Diharapkan Lebih Baik dari Egy Maulana Vikri di Lechia Gdansk
Dia menjabat sebagai pelatih di sana mulai 6 Desember 2019 hingga 30 Juni 2021. Selama mengasuh SK Prostejov, Sustr telah mengawal timnya sebanyak 43 kali.