Ketika melakukan debutnya bersama tim senior Barcelona pada September 2007, Bojan masih berusia 17 tahun. Selama berseragam Barcelona, Bojan mencetak 41 gol dari 163 pertandingan di semua kompetisi.

Dia memenangkan 10 trofi utama di Camp Nou, termasuk tiga gelar La Liga dan dua trofi Liga Champions.
Di era kepelatihan Josep Guardiola, Bojan yang kesulitan menembus tim utama akhirnya dijual ke AS Roma pada 2011.
Bojan menghabiskan tiga tahun di Stadion Olimpico, lalu dipinjamkan ke AC Milan dan Ajax sebelum akhirnya dibeli Stoke City.
Bojan mencetak 16 gol dalam 86 penampilannya di semua kompetisi untuk The Potters, dengan 14 di antaranya di Liga Premier Inggris.
Sayangnya, Bojan gagal tampil konsisten karena sering kali dibekap cedera sehingga Stoke memutuskan untuk meminjamkannya ke Mainz dan Alaves sebelum akhirnya resmi meninggalkan Stoke pada Agustus 2019.
Montreal Impact kemudian berhasil mengamankan jasanya selama satu musim, namun enggan memberikan perpanjangan kontrak di akhir musim.