Kiprah impresif bersama Hoffenheim lantas membawa Nagelsmann ke RB Leipzig pada musim panas 2019.
Di musim perdananya sebagai manajer Leipzig, Baby Mourinho sekali lagi menunjukkan magisnya. Die Roten Bullen ia bawa ke semifinal Liga Champions plus finis di posisi ketiga klasemen Bundesliga.
Belum berhenti sampai di situ, musim ini pun Nagelsmann kembali membuktikan tangan dinginnya. Sampai pekan ke-21 Bundesliga, Leipzig bercokol di peringkat kedua Bundesliga, terpaut lima poin dari Bayern Munich yang ada di puncak klasemen.
Dan tentunya, Leipzig juga dibawanya kembali menembus fase gugur Liga Champions.