Dia mengambil alih tim nasional Prancis pada tahun 1992 sebelum mengundurkan diri setahun kemudian setelah gagal mengamankan kualifikasi Piala Dunia 1994.
Dia bergabung dengan Liverpool pada tahun 1998, pada awalnya sebagai co-manager dengan Roy Evans, sebelum mengambil alih sepenuhnya.
Dia mengawasi periode transisi sebelum kampanye 2000/01 yang sangat sukses di mana klub memenangkan kedua piala domestik, Piala UEFA, setelah kemenangan atas Alaves di final, serta Charity Shield dan Piala Super UEFA untuk memulai musim berikutnya.
Dia pergi meninggalkan Liverpool pada 2004, digantikan oleh Rafael Benitez, sebelum memimpin Lyon meraih dua mahkota Ligue 1 di Prancis.
Houllier kembali ke sepak bola Inggris pada 2010 bersama Aston Villa, membantu mereka finis di urutan kesembilan, sebelum dipaksa mundur musim itu karena kesehatan yang buruk.
Dia kemudian mengambil berbagai peran teknis dalam permainan, terutama dengan franchise Red Bull, serta tim wanita Lyon.