Meskipun memiliki tujuan yang ambisius, pembentukan Danantara tidak lepas dari kontroversi.
Beberapa pihak mengkhawatirkan potensi campur tangan politik dan kurangnya transparansi dalam pengelolaan dana tersebut.
Penunjukan tokoh-tokoh politik dalam struktur kepemimpinan Danantara menimbulkan kekhawatiran mengenai independensi dan profesionalisme badan ini.
Selain itu, keputusan untuk mengalihkan dividen BUMN dari anggaran negara ke Danantara memicu perdebatan mengenai dampaknya terhadap pendapatan negara dan prioritas pengeluaran publik.