Pada 2015, Djoko dipercaya menjadi Direktur Pembinaan Usaha Hulu Migas di Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM). Jabatan ini memberinya tanggung jawab untuk mengawasi pengembangan dan pengelolaan sektor hulu migas, termasuk eksplorasi dan produksi minyak dan gas.
Djoko kemudian menjabat sebagai Deputi Pengendalian Pengadaan di SKK Migas pada periode 2016-2018. Dalam posisi ini, ia mengawasi proses pengadaan barang dan jasa untuk proyek hulu migas, memastikan efisiensi dan transparansi dalam setiap pengadaan.
Pada 2017, Djoko diangkat sebagai Direktur Jenderal Minyak dan Gas Bumi di Kementerian ESDM. Sebagai Dirjen Migas, ia bertanggung jawab atas regulasi dan pengawasan seluruh sektor migas di Indonesia. Posisi ini memberinya peran kunci dalam merumuskan kebijakan energi nasional.
Setelah menjabat sebagai Dirjen Migas, Djoko dipercaya menjadi Sekretaris Jenderal Dewan Energi Nasional (DEN) pada tahun 2019. Ia memegang jabatan ini hingga 2024, di mana ia berperan penting dalam merancang strategi energi nasional yang berkelanjutan.