Pendanaan proyek MRT Lin Timur-Barat Fase 1 Tahap 1 menggunakan skema co-financing Japan International Cooperation Agency (JICA) dan Asian Development Bank (ADB).
Proporsi pendanaan yang diterapkan ialah 49 persen pemerintah pusat melalui hibah (on granting) dan 51 persen oleh Pemprov DKI Jakarta melalui pinjaman (on lending).
Pinjaman tahap pertama bersumber dari JICA yang diterima pemerintah pusat, lalu diterushibahkan dan diteruspinjamkan kepada Pemprov DKI Jakarta.