Namun, pukul 01:43:42 UTC saat ACC Jakarta bertanya kepada kru pesawat, berapa lama pesawat itu terbang di jalurnya, tidak ada respons dari kru kokpit.
Kopilot tak disengaja tertidur. Kemudian, sekitar 12 menit setelah transmisi terakhir, ACC Jakarta berusaha untuk menghubungi pesawat lagi, namun tidak mendapat respons.
Upaya dilakukan untuk mengontak pilot dan kopilot, termasuk melalui pesawat lain, tetapi tidak ada respons dari pesawat BTK6723. Pada 02:11 UTC, sekitar 28 menit setelah transmisi terakhir, pilot terjaga dan menyadari bahwa kopilotnya tertidur dan pesawat sedang keluar dari jalur penerbangan.
Pilot segera membangunkan kopilot dan merespons panggilan dari ACC serta pilot pesawat lain. Pesawat kemudian dialihkan kembali ke jalur penerbangan yang benar dan berhasil mendarat dengan aman di Bandar Udara Soekarno-Hatta.