Gereja Katedral Keuskupan Agung Kupang berdiri sejak 1962 yang berawal dari rumah pastor. Dalam perjalanannya, setelah Keuskupan Agung Kupang terbentuk sebagai bentuk perluasan Keuskupan Atambua, rumah pastor tersebut dijadikan sebagai Gereja Katedral Keuskupan Agung Kupang.
Selama ini, bangunan gereja tersebut belum pernah direhabilitasi, kecuali pada tahun 1995 ada penambahan di bagian samping dengan pembangunan balkon.
Gereja Katedral menjadi bagian sejarah keberadaan Gereja Katolik di Kota Kupang sekaligus objek wisata religi di Kota Kupang yang berjarak sekitar 13 km dari Bandara Internasional El Tari Kupang atau dapat ditempuh sekitar 25 menit via jalur darat.