Sunjaya sebelumnya ditetapkan sebagai tersangka setelah diperiksa oleh KPK pada Oktober 2018. Ia ditangkap KPK melalui Operasi Tangkap Tangan (OTT) di Pendopo Kabupaten Cirebon.
Akibat status tersangkanya, Sunjaya dinonaktifkan dari jabatannya sebagai Bupati Cirebon dan digantikan oleh Rahmat Sutrisno sebagai Pelaksana Harian (Plh.) Bupati Cirebon. Meski sebelumnya ia telah terpilih sebagai pemenang dalam Pilkada Kabupaten Cirebon 2018, ia harus dinonaktifkan hanya dalam waktu 15 menit setelah pelantikannya untuk periode keduanya pada 17 Mei 2019.
Pelaksana tugas (Plt.) Bupati Cirebon kemudian diserahkan kepada Imron Rosyadi selaku Wakil Bupati yang telah mendampingi Sunjaya di periode keduanya.
Pada 30 Agustus 2019, Sunjaya akhirnya secara resmi dicopot dari jabatannya sebagai Bupati Cirebon, setelah surat pengangkatan baru dibacakan oleh Menteri Dalam Negeri (Mendagri) dalam rapat paripurna Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kabupaten Cirebon.