Bandara Trunojoyo sebelumnya telah melayani sejumlah rute, yakni Sumenep-Madura, Sumenep-Bawean, Sumenep-Pagerungan dan Sumenep-Banyuwangi.
"Bandara ini berpotensi melayani ke Banjarmasin, Jakarta, dan Bali karena banyak pekerja yang ada di Kalimantan, Jakarta dan Bali," kata Menhub Budi Karya.