Adapun ketentuan tersebut dikecualikan untuk moda transportasi perintis termasuk di wilayah perbatasan, daerah 3T (tertinggal, terdepan, terluar), dan pelayaran terbatas sesuai dengan kondisi daerah masing- masing.
Selanjutnya, setiap operator moda transportasi diwajibkan menggunakan aplikasi PeduliLindungi untuk memeriksa persyaratan perjalanan pada setiap PPDN.
SE Kemenhub ini mulai berlaku mulai Selasa, 8 Maret 2022 dan akan dievaluasi sesuai perkembangan dinamika di lapangan. Dengan terbitnya SE No 21 ini maka SE sebelumnya No 96 Tahun 2021 dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.