Dia kemudian banting setir dengan menjadi dokter kepala di Jawatan Kesehatan Tentara VIII/Garuda di Sumatera Selatan pada Dember 1946, sekaligus menandai awal kariernya di kalangan ABRI.
Di masa dwifungsi ABRI, yakni izin kiprah di dunia sipil dan militer, Ibnu Sutowo memperoleh kesempatan menjadi direktur PT Permina (Perusahaan Minyak Nasional) yang kemudian menjadi cikal bakal Pertamina.