Dalam hal operasional KLB, KAI masih tetap mengoperasikan 6 perjalanan KLB yang melayani 3 rute yaitu Gambir – Surabaya Pasarturi Lintas Selatan pp, Gambir – Surabaya Pasarturi Lintas Utara pp, dan Bandung – Surabaya Pasar Turi pp.
Perjalanan KLB dari arah Surabaya hanya akan beroperasi setiap tanggal ganjil, dan KLB dari arah Jakarta dan Bandung akan beroperasi setiap tanggal genap.