Untuk pembangunan seksi I menggunakan dana anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Provinsi Kalimantan Timur sebesar Rp 1,5 triliun dan APBN sebesar Rp 271 miliar, dimana Rp 79,88 miliar, diantaranya dialokasikan untuk pembangunan Jembatan Manggar sepanjang 613 meter.
Sedangkan untuk Seksi V didanai oleh APBN yang berasal dari pinjaman dari Pemerintah China sebesar Rp 848,55 miliar atau sekitar 8,5 persen dari total investasi.
Kemudian untuk Seksi II-III dan IV, pembangunannya menggunakan dana dari Badan Usaha Jalan Tol (BUJT) yakni PT Jasa Marga Balikpapan-Samarinda.
Baca Juga: Jajal Tol Layang Jakarta-Cikampek, Warganet: Enjot-enjotan!