2004 - Juli
Departemen Perhubungan mengeluarkan Studi Implementation Program for Jakarta MRT System (Lebak Bulus-Dukuh Atas).
2005
Kerugian ekonomi akibat kemacetan lalu lintas di Jakarta berdasarkan hasil penelitian Yayasan Pelangi pada 2005 ditaksir Rp 12,8 triliun/tahun yang meliputi nilai waktu, biaya bahan bakar dan biaya kesehatan.
Baca Juga: Rapat Penentuan Besaran Tarif MRT Molor
2005 - Maret
Studi pada tahun 2004 direvisi pada bulan Maret 2005 menjadi Revised Implementation Program (Revised IP) for Jakarta MRT System (Lebak Bulus-Dukuh Atas). Atas dasar studi Revised IP tersebut, Pemerintah Republik Indonesia mengajukan permintaan kepada Pemerintah Jepang untuk membiayai proyek pembangunan MRT di Provinsi DKI Jakarta.
2005 - Agustus
Studi oleh Tim Special Assistance for Project Formation (SAPROF) dari JBIC telah dilakukan pada tahun 2005 untuk memfasilitasi pembentukan kesepakatan di antara stakeholders atas proyek ini di Indonesia. Sejak Agustus 2005, Sub Komite MRT telah dibentuk di bawah Komite Kebijakan Percepatan Penyediaan Infrastruktur (KKPPI) untuk mengimplementasikan proses-proses yang diperlukan dalam mendirikan perusahaan operator MRT (MRTC).
2005 - November - Desember
Baca Juga: Jokowi Klaim Pembangunan MRT, Said Didu: Candi Borobudur Juga Diklaim
Minutes of Discussion (MoD) telah ditandatangani Pemerintah Republik Indonesia (Bappenas, Departemen Perhubungan serta Pemprov DKI Jakarta) dan JBIC (Japan Bank for International Cooperation ) sebagai dasar bagi persetujuan pinjaman.
2006 - Oktober
Memorandum on Engineering Services juga telah ditandatangani pada 18 Oktober 2006 antara Pemerintah Republik Indonesia dan JBIC sebagai dasar bagi persetujuan pinjaman.
2006 - 28 November
Penandatanganan Loan Agreement Tahap 1 (L/A 1), berdasarkan syarat-syarat yang sebelumnya telah disepakati dalam Minutes of Discussion (MoD) dan Memorandum on Engineering Services (MoES) dengan pinjaman sebesar ¥1,869 Milyar yang dipergunakan untuk pembiayaan:
- Konsultasi Penyusunan Basic Design (Engineering Services)
- Konsultasi Manajemen, untuk membentuk dan mengembangkan PT MRT Jakarta.
- Konsultasi Pengadaan, untuk membantu PT MRT Jakarta melelang proyek sebagai implementasi dari basic design yang dihasilkan kegiatan pada butir 1 diatas.
2007
Revisinya UU 13/1992 tentang Perkeretaapian menjadi UU 23/2007, maka kewenangan penyelenggaraan sarana prasarana perkeretaapian yang sedianya dikuasai oleh pemerintah pusat melalui Badan Usaha Milik Negara (BUMN), kini dapat diselenggarakan oleh Badan Usaha yang dibentuk oleh Pemerintah Daerah.
Berdasarkan peraturan yang berlaku, terdapat 3 (tiga) jenis badan usaha yang dapat dibentuk oleh Pemerintah Daerah, yaitu Badan Pengelola (BP), Perusahaan Daerah (BUMD/PD), dan Perseroan Terbatas (BUMD/PT). Ditinjau dari perspektif management, baik BP maupun BUMD/PD tidak memiliki fleksibilitas yang cukup untuk alih daya (outsource) maupun bekerjasama dengan sektor swasta, sehingga beresiko terjadinya inefisiensi karena terbatasnya pendanaan dari Pemerintah Daerah. Sementara BUMD/PT memiliki fungsi yang sama dengan sektor swasta sehingga mampu memanfaatkan sumberdaya eksternal secara maksimal.