Meski telah memperoleh kewenangan dari pemerintah pusat untuk mengeluarkan izin lalu lintas keluar masuk barang, namun Presiden Joko Widodo dan Wakil Presiden Jusuf Kalla menganggap perkembangan ekonomi di BP Batam tak kunjung signifikan.
Maka dari itu, Presiden Joko Widodo memutuskan akan menghapuskan dualisme di Batam dengan mengalihkan kewenangan yang selama ini melekat pada BP Batam kepada Pemerintah Kota Batam.