IHPS II Tahun 2017 memuat 449 laporan hasil pemeriksaan diantaranya sebanyak 56 pemeriksaan pada pemerintah pusat, 355 pada Pemda, BUMD dan BLUD, dan 38 pada BUMN dan badan lainnya. Hasil pemeriksaan yang signifikan pada pemerintah pusat adalah pemeriksaan atas pengelolaan tata niaga impor pangan yang dilakukan pada Kementerian Perdagangan (Kemendag).
Hasil pemeriksaan BPK menyimpulkan bahwa sistem pengendalian intern Kemendag belum efektif untuk memenuhi kepatuhan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan. BPK juga melakukan pemeriksaan atas pengelolaan keuangan Badan Pengelola Dana Perkebunan Kelapa Sawit (BPDPKS).
Hasil pemeriksaan menyimpulkan bahwa pengelolaan pungutan dan penggunaan dana perkebunan pada BPDPKS dan instansi terkait lainnya tahun 2015-2017 belum sepenuhnya didukung dengan sistem pengendalian intern yang memadai dan belum sesuai dengan ketentuan peraturan perundangan terkait pengelolaan pungutan dan penggunaan dana perkebunan kelapa sawit.
Selain itu, BPK juga melakukan pemeriksaan atas upaya penanganan kelebihan kapasitas lembaga pemasyarakatan dan rumah tahanan negara. Hasil pemeriksaan menunjukkan bahwa upaya Kemenkumham dalam pananganan overcapacity pada lapas dan rutan belum sepenuhnya efektif dalam aspek regulasi, kebijakan dan komitmen, organisasi, dukungan sumber daya manusia, dukungan sarana dan prasarana dan kerjasama dengan pihak ketiga.