Pemerintah menetapkan Pelabuhan Patimban sebagai salah satu Proyek Strategis Nasional, yang telah tercantum dalam Peraturan Presiden Nomor 58 Tahun 2017 tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 3 tahun 2016 tentang Percepatan Pelaksanaan Proyek Strategis Nasional.
Pembangunan Pelabuhan Patimban terbagi menjadi tiga tahap, khusus untuk tahap pertama terbagi lagi ke dalam dua fase.
Tahap pertama fase 1 Pelabuhan Patimban akan memiliki terminal kendaraan dengan dermaga sepanjang 300 meter serta terminal peti kemas 420 x 35 meter dari total panjang dermaga keseluruhan tahap 1, 2 dan 3 sepanjang 4.320 meter, serta kedalaman perairan -10 m LWS. Sedangkan lapangan peti kemas memiliki luas 35 hektar dengan kapasitas 250.000 TEUs dari total kapasitas Tahap 1 sebesar 3,75 TEUs. Selanjutnya, di tahap pertama fase kedua nantinya terminal kendaraan menjadi 690 m sedangkan terminal peti kemas diperpanjang dan diperluas menjadi 1.740 x 35 meter dari total panjang dermaga keseluruhan 4.320 meter, dengan kedalaman -14 m LWS. Sedangkan lapangan peti kemas ditambah seluas 66 hektar dengan kapasitas 3,5 juta TEUs dari total kapasitas 3,75 TEUs utk Tahap 1.
Pembangunan Pelabuhan Patimban dibiayai oleh pinjaman Jepang melalui Badan Kerja Sama Internasional Jepang (JICA) sebesar 1,03 Miliar dolar AS dan pendanaan dari dalam negeri antara lain untuk pengadaan lahan sekitar Rp500 miliar, sedangkan anggaran yang dibutuhkan untuk pengadaan peralatan, pengoperasian dan pemeliharaan akan menjadi porsi operator pelabuhan.