Untuk memudahkan koordinasi dan pelaksanaan proyek NCICD, Menteri PUPR telah menerbitkan Keputusan Menteri PUPR Nomor. 645.KPTS/M/2016 tentang Pembentukan Tim Persiapan Pembangunan Terpadu Pesisir Ibukota Negara.
Unit tersebut telah disahkan pada bulan Februari 2017, yang terdiri dari unit organisasi di lingkungan Kementerian PUPR (Ditjen SDA, Ditjen Cipta Karya, BPIW, dan Balitbang).
Untuk tugas-tugas harian, dilaksanakan oleh tiga Project Management Unit (PMU) yang terdiri dari (PMU I) Bidang Program dan Perencanaan, (PMU II) Bidang Pembangunan Tanggul, Pengendalian Banjir, dan Air Baku, (PMU III) Bidang Pembangunan Sanitasi dan Air Minum. PMU tersebut didukung oleh Sekertariat PMU yang berfungsi untuk memonitor kegiatan bidang-bidang dan melaporkannya kepada Menteri PUPR.
Baca Juga: Kementerian PUPR akan Atur Upah Minimum Tenaga Kerja Konstruksi