PELNI dan ASDP merupakan operator yang bertugas melayani masyarakat pengguna jasa sesuai standar keselamatan, keamanan, dan pelayanan pelayaran yang ditetapkan oleh regulator dalam hal ini Kemenhub. Sementara, Kemenhub, dalam hal ini Syahbandar Pelabuhan berfungsi sebagai regulator yang bertugas melaksanakan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran terhadap operator, serta koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan. Kedua pihak tersebut memiliki fungsi yang berbeda.
Sebagai informasi, pada Januari 2016 lalu, Kemenhub telah meresmikan pengoperasian kapal perintis KM Sabuk Nusantara 46 untuk melayani pelayaran dari Pelabuhan Sunda Kelapa menuju Kepulauan Seribu dengan harga tiket 15.000 rupiah. Kapal tersebut beroperasi tiga kali seminggu, dengan kapasitas 114 penumpang dan 100 ton barang. Rute kapal tersebut yaitu, Pelabuhan Sunda Kelapa (sebagai pelabuhan pangkal) - Pulau Untung Jawa - Pulau Pramuka - Pulau Tidung - Pulau Kelapa.