7. Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Rp.4.347.865.168.000;
8. Badan Penelitian dan Pengembangan Rp.124.163.000.000, dan
9. Badan Pengelola Transportasi Jabodetabek Rp. 120.163.000.000.
Sedangkan fokus Kemenhub dalam Program/Kegiatan Pembangunan sektor Perhubungan Tahun Anggaran 2017 sebesar Rp. 45,98 Trilliun ada 4 yaitu
1. Peningkatan Keselamatan dan Keamanan Transportasi Rp. 6,27 Trilliun (13,64%);
2. Peningkatan Kualitas Pelayanan Rp. 12,47 Triliun (27,12%);
3. Peningkatan Kapasitas Rp. 18,643 Triliun (40, 54%);
4. Tata Kelola dan Regulasi (Dukungan Manajemen) Rp. 8,60 Triliun (18,70%).
Selain itu Kementerian Perhubungan mempunyai Target dan Prioritas Pembangunan sektor Perhubungan Tahun 2017 antara lain dukungan transportasi dalam rangka konektivitas terhadap Program Prioritas Nasional yang telah ditetapkan dengan peraturan Presiden (Kawasan Strategis Pariwisata Nasional/KSPN, Kawasan Ekonomi Khusus, Kawasan Industri serta Kawasan Tertinggal, Terdalam dan Perbatasan Negara) serta Pelayanan Keperintisan Angkutan Jalan, Penyeberangan, Angkutan laut, Angkutan Udara, dan Perkeretaapian termasuk subsidi angkutan ternak dan angkutan barang dalam rangka tol laut.