UNIDO Country Office Indonesia memiliki mandat menyediakan bimbingan bagi negara berkembang untuk menyelenggarakan proses industrialisasi yang ramah lingkungan, efisien, dan tepat guna. Perwakilan UNIDO untuk Indonesia ini memiliki prioritas empat bidang tematik: Poverty Reduction (Including Trade Capacity); Energy for All; Environment and Clean Production; serta Partnership and Sustainable Development.
Keempat bidang tematik tersebut sejalan dengan berbagai proyek yang telah diidentifikasi ke dalam UNIDO - Indonesia Country Programme sebagaimana sesuai dengan Rencana Pembangunan Jangka Panjang (RPJP) 2005-2025 dan Kebijakan Pengembangan Industri Nasional (KPIN) 2015-2019.