Pelindo II sendiri merupakan BUMN operator pelabuhan terbesar di Indonesia yang mempunyai misi untuk selalu memberikan layanan kelas dunia kepada para pengguna jasanya. Saat ini Pelindo II memiliki 12 cabang pelabuhan yang tersebar di wilayah bagian barat Indonesia, yakni Tanjung Priok, Sunda Kelapa, Palembang, Pontianak, Teluk Bayur, Banten, Bengkulu, Panjang, Cirebon, Jambi, Pangkal Balam dan Tanjung Pandan.
Selain itu, Pelindo II memiliki 16 anak perusahaan yang terdiri atas PT Pelabuhan Tanjung Priok, PT Jakarta International Container Terminal, PT Pengembang Pelabuhan Indonesia, PT Indonesia Kendaraan Terminal, PT energy Pelabuhan Indonesia, PT Integrasi Logistik Cipta Solusi, PT Jasa Peralatan Pelabuhan Indonesia, PT Pengerukan Indonesia, PT Elecronic Data Interchange Indonesia, PT Terminal Petikemas Indonesia, PT Pendidikan Maritim dan Logistik Indonesia, PT IPC Terminal Petikemas, PT Rumah Sakit Pelabuhan, PT Multi Terminal Indonesia, PT Jasa Armada Indonesia, serta KSO TPK Koja.